L'attuale Masseria Lonoce prende origine al passaggio fra Medioevo ed Età Moderna; precedentemente il suo territorio era stato occupato da un vasto insediamento rurale sparso, in continuità con altri nella medesima contrada Galeasi e di Caprarica. Questo abitato disperso gravitava attorno alla chiesa ini rupe di San Pietro, una delle più interessanti nel territorio grottagliese. Dopo gli abbandoni che sono susseguiti alla crisi tardo-medievale, gli antichi insediamenti furono sostituiti da strutture produttive, in primis dalle masserie.

Il primo proprietario di una masseria del sito fu, alla fine del '500, un tal Giuseppe Vergara, ceduta poi ai de Raho e successivamente ai De Cesare, che provvidero ad ampliarla e ad introdurvi numerosi miglioramenti. La masseria era estesa per 90 tomoli, comprendeva diverse lame, annoverava al suo interno un giardino di agrumi, un pozzo, cisterne, grotte, un trappeto e una torre.

Nel 1633, i beni dei De Cesare venivano posti sotto sequestro dal barone di Grottaglie, per crediti da questi vantati nei confronti di diversi cittadini Grottagliesi. La masseria venica dunque venduta all'asta per 400 ducati a Giovanni Rodiguez di Francavilla. Nel 1638, nuovamente posta all'asta, veniva venduta per 700 ducati a Fabio Gatto, per conto del Collegio dei Gesuiti di Madrid, creditori di Cesare.